Фёдор Колычев родился в 1507 году и происходил из знатного боярского рода Колычевых, занимавших видное место в Боярской думе при дворе московских государей. Мать его, овдовев, стала монахиней и основала в Москве Варсонофьевский монастырь.
Будущий святитель Филипп жил сначала при дворе государя, но в 1537 голу после участия в мятеже удельного князя Андрея Старицкого бежал в Соловецкий монастырь, где принял монашество. В 1548 году стал игуменом и среди духовенства выделялся суровым, непреклонным характером. В этом сане он ревностно заботился о благосостоянии обители в материальном, а больше — в нравственном отношении.
Стремясь опереться на церковный авторитет, в 1565 году Иван Грозный предложил ему занять пост митрополита. Филипп соглашался при условии отмены царем опричнины. Иван Грозный сумел уговорить Филиппа, чтобы тот не вмешивался в государственные дела, но зато получил право «советования» с государем, включавшее возможность «печалования» за опальных.
В первое время святительства Филиппа (1567-1568 гг.) утихли ужасы опричнины, но так было недолго. Вскоре опять начались грабежи и убийства мирных граждан, Русь пришла в великое неустройство. Митрополит несколько раз в уединенных беседах с царем старался вразумить его, но, видя, что убеждения помогают, решился действовать открыто, призвав Грозного к милосердию публично.
В марте перед Великим постом, в неделю Крестопоклонную, царь в черной одежде опричника пришел к Литургии в Успенский собор и просил митрополита Филиппа благословить его. Тот отказался, осудив самозванное иночество Грозного. Задыхаясь от гнева, вышел Грозный из собора.
В ноябре 1568 года послушные царю иерархи на церковном Соборе признали Филиппа виновным в колдовстве и чародействе, что не соответствовало действительности. Через три дня на Литургию в Успенский собор Кремля ворвались опричники, содрали с Филиппа ризы и с позором потащили вон из храма, посадили на повозку и повезли за пределы города. Иные же ругались над ним и били метлами. А народ московский, забыв о страхе, с плачем бежали за ним.
Митрополит был заточен в Богоявленский монастырь, а потом свезен в Тверской Отрочь монастырь. Здесь, по приказу Ивана Грозного, 3 декабря 1569 года он был задушен главой опричников Малютой Скуратовым. Нетленные его мощи были погребены в Соловецком монастыре, а потом, усердием царя Алексея Михайловича, перевезены в Москву и положены в Успенском соборе Кремля. В 1648 году он был причислен к лику святых.
Из книги О.Кодола "Фёдор Колычев. Дитя эпохи":
«История суда над Колычевым – это просто, по сути, история его отставки. Снять «просто так» его не мог даже царь, а потому требовался суд. Но митрополит, даже зная о своей дальнейшей судьбе, предпочитал сопротивляться. Для полного соблюдения формальностей была необходима мощная доказательная база, но, видимо, с ней-то у царя и опричнины были проблемы. Потому царь послал в Соловецкий монастырь дознавателей. Там дознаватели «опросили» монахов, и «…возвратишася к Москвъ, и взяша с собою игумена Паисъю легкоумнаго, паче же – Безумнаго, со иными клеветники и с ложными словесы…». При этом игумену Паисию был обещан пост епископа, что в дальнейшем дало повод говорить о «ложности» обвинений. Как бы то ни было, но ряд доказательств был собран и представлен на суде. Примечательно, что эти доказательства устроили судей, а сообщения об их «ложности» возникли только лишь при составлении «Жития митрополита Филиппа», через тридцать лет после его казни. На Соборе, в присутствии царя, духовенства и бояр, митрополиту были объявлены его «вины». Но Колычев всё отрицал и даже попытался уйти от ответственности, когда театральным жестом попытался вернуть царю знаки своего сана: «…вот жезл святительский, вот клобук и мантия, которыми ты хотел возвеличить меня, возьми их назад…». Царь остановил митрополита, говоря: «…Ты хитро хочешь избегнуть суда; нет, не тебе судить самого себя; дожидайся суда других и осуждения; надевай снова одежду, ты будешь служить на Михайлов день обедню…». Через три дня, в Михайлов день, 8 ноября 1568 года, в Успенском соборе состоялась последняя служба Филиппа в сане митрополита. В церковь в сопровождении опричников вошёл боярин Алексей Басманов и зачитал соборный приговор о низложении митрополита. С Колычева сорвали святительское облачение, одели его в простую монашескую одежду, и с позором выгнали из церкви. Посадив осуждённого на дровни, его отвезли в Богоявленский монастырь. Собор признал митрополита виновным в «скаредных делах» и присудил митрополиту «сожжение на костре» – обычную меру наказания для того времени. Царь помиловал мятежного митрополита, заменив сожжение ссылкой. Бывший митрополит был сначала заточён в монастырь Николы Чудотворца, где пробыл неделю. В это время царь казнил некоторых родственников Филиппа. Голову одного из них, племянника митрополита, имя которого оспаривается по разным источникам, царь прислал Колычеву со словами: «…вот голова твоего сродника: не помогли ему твои чары...». По прошествии недели Филипп Колычев был удалён из Москвы и сослан на вечное заточение в тверской Отрочь монастырь.
Согласно «Житию…», спустя год, во время карательного похода в Новгород, Иван IV вспомнил о заточённом мятежнике и послал к нему одного из своих приближённых – Малюту Скуратова. По легенде Малюта вошёл к Колычеву в камеру, чтобы попросить его благословения, но Филипп отказался его дать. В результате Скуратов придушил бывшего митрополита подушкой, сказав, что митрополит умер по небрежности охранников «…от неуставнаго зною келейнаго…».