В 2003 году инспекция была передана в ведение МЧС России. ГИМС МЧС России стала не только осуществлять государственный надзор за маломерными судами и базами для их стоянок и их пользованием во внутренних водах и территориальных морях Российской Федерации, но также обеспечивать в пределах своей компетенции безопасность людей на водных объектах, в том числе осуществляя надзор за пляжами, ледовыми переправами и наплавными мостами, проводя аттестацию на право управления маломерными судами.
В настоящее время работа инспекторов ГИМС МЧС России строится в тесном взаимодействии с должностными лицами органов внутренних дел, прокуратуры, рыбоохраны (проводятся совместные плановые рейды, патрулирование и пр.).
Значительно улучшилась техническая оснащенность службы. Возросла штатная численность инспекции. Сегодня безопасность на водных объектах обеспечивают свыше 3700 государственных инспекторов по маломерным судам ГИМС МЧС России.
В реестре Российской Федерации зарегистрировано более 1,5 млн. маломерных судов.